La CNOPS dispose d'une nouvelle organisation administration qui s'articule sur des instruments d'anticipation, (Etude et actuariat), de veille (Audit et Contrôle de gestion), de gestion des prestations Contrôle médical), de liquidation de ces prestations (Liquidation des prestations), de support financier (Finances et Comptabilité) et d'appui et logistique (Affaires générales et Logistique). Cette organisation comprend également des structures renforcée comme les divisions des services aux assurés, des systèmes de l'information et le service de communication et de la coopération internationale.
Département des Etudes et de l’Actuariat (DEA) : élabore des études actuarielles, économiques et sociales et en favorise l’exploitation et la diffusion. Ce Département a pour mission de prévoir et d’anticiper l’équilibre financier du régime et de gérer les indicateurs clés de la CNOPS Directeur du Département : M. Abderrahim Dbich
Département de la Liquidation des Prestations (DLP) est compétent pour gérer le cadre conventionnel mis en place avec les producteurs de soins, le traitement et la promotion de la qualité des prestations servies aux assurés et l’appui technique aux autres entités en matière de soins de santé. Directeur du Département : M. Mohammed Sebti
Département du Contrôle Médical (DCM) : est chargé d’organiser et d’animer le contrôle médical au niveau de la CNOPS, de ses délégations régionales et au niveau des mutuelles. Elle vérifie la conformité des prescriptions et de la dispensation des soins médicalement requis et la validité des prestations au plan technique et médical. Cette direction analyse, sur le plan médical, l’activité des établissements de soins et des services dispensant des soins aux assurés Directeur du Département : Docteur Imane Ait Jafour, épouse Bentayeb
Département financière et comptable (DFC) : gère les ressources financières de la CNOPS à travers notamment la conception, le développement et la gestion des systèmes comptables, budgétaires et financiers. Ce département tient la comptabilité et élabore les états financiers de la Caisse et des états consolidés de l’AMO, conformément au code général de normalisation comptable. Directeur du Département : Mme Naima Mortajid
Département de l’Audit et du Contrôle de Gestion (DACG) : est chargé du système de contrôle interne, du contrôle des procédures de gestion du patrimoine, de la réalisation des missions d’audit et l’assistance des autres directions et des mutuelles dans la réalisation d’une gestion maîtrisée de leurs activités et opérations. Directeur du Département : Mme Mounia Kriem
Département des Affaires Générales et de la Logistique (DAGL) : gère la politique des ressources humaines, les affaires administratives et juridiques, ainsi que les activités de support et de logistique. Directeur du Département : M. Karim Driss
Division du service aux assurés et de l’Immatriculation (DSAI) : Le champ d’action de la DSAI s’étend à l’immatriculation et la gestion des données sur les assurés, ainsi que l’acceuil, l’information, l’orientation des assurés. Chef de la Division : Mlle Souad Skali
Division des Systèmes d’Information (DSI) : a pour mission de mettre en œuvre des systèmes et solutions informatiques évolutifs et adaptés à la stratégie et à la mission de la CNOPS et en assurer l’exploitation dans un environnement garantissant la fiabilité, la confidentialité et la sécurité des données. Chargé de la Division : Abderrahim Dbich
Service de la Communication et de la Coopération Internationale : a pour mission l'animation des outils de communication interne et externe, de gérer les relations presse et les relations instittionnelles, ainsi que les relations avec les partenaires étrangers Responsable : M. Aziz Khorsi
Les antennes régionales : Missions & contacts
La réception et l’octroi des demandes de prise en charge,
La coordination, sous la responsabilité de la CNOPS, du contrôle médical ;
L’information et la communication (Droits et obligations des assurés, formulaires, réception des dossiers de maladies, traitements des réclamations …
Presse 
